Может ли наше сельхозпредприятие выставить счёт за питание в нашей столовой подрядной организации?

Конечно, но следует заключить договор с подрядной (сторонней) организацией об оказании услуг общественного питания.

В договоре об обслуживании работников, заключаемом со сторонней организацией прописываются все условия предоставления услуг, в том числе время обеда, количество работников, стоимость одного обеда, порядок предоставления обедов и т.д.

Подрядная организация при этом может применить талонную схему питания, то есть денег на обеды работники получать не будут, а право на получение обеда будет предоставляться сельхозпредприятием в обмен на талоны. На основании полученных талонов ваша организация выставит сторонней организации счет на общую сумму оказанных услуг.