Организация покупает земельную долю у пайщика, нужно ли подавать 2 - НДФЛ с суммой дохода, и будет ли пайщик платить налог 13 %?

При покупке имущества у физических лиц у организации (ИП) не возникает обязанностей налогового агента. Поэтому вы не должны были удерживать НДФЛ при выплате денежных средств физическому лицу и перечислять налог в бюджет.

В пп.2 п.1 ст.228 НК говорится, что при продаже имущества физлицо производит подачу декларации самостоятельно. Следовательно, организация (ИП) при покупке имущества физлица не должно исполнять обязанности налогового агента и удерживать НДФЛ. Выплатите физлицу полную стоимость земельного участка.

Если физлицо продало земельный участок, находившийся в собственности менее трех (пяти) лет, ему необходимо самостоятельно отразить полученные доходы в налоговой декларации по налогу на доходы физических лиц (форма 3-НДФЛ).

Если не удерживали НДФЛ (что правильно), тогда и сведений никаких нет. Ничего не нужно подавать.