При реализации продукции покупателю ЖД транспортом все расходы отражаю на бухгалтерском счёте 44.02. А в случае, когда нам приходит товар от поставщика ЖД транспортом (ЖД вагоны при разгрузке стоят на путях, за это взимается плата), на каком счёте нужно отразить данные расходы?

Тут надо рассмотреть несколько случаев:

Сумма платы может быть, как составляющей стоимости услуг перевозчика, так и суммой штрафных санкций, предъявленных перевозчиком.

А) Если это штрафы – тогда относится на прочие расходы

 Дт 91.02 Кт 60 - п. 11 ПБУ 10/99 «Расходы организации».

Б) Учитывать в стоимости товаров на основании п. 11 ФСБУ 5/2019 «Запасы».

Учитывать сразу по счету 44 «Расходы на продажу» при осуществлении торговой деятельности на основании п. 21 ФСБУ 5/2019 «Запасы» «при осуществлении торговой деятельности допускается включать в состав расходов на продажу затраты по заготовке и доставке товаров до центральных складов (баз), производимые до момента их передачи в продажу.»

Так же можно учитывать ТЗР исходя из признака рациональности ведения бухгалтерского учета  п. 7.4 ПБУ 1/2008 учитывать отдельно затраты по доставке товаров по счету 10.ТЗ и списывать в себестоимость продаваемых товаров по мере продажи товаров (списания материалов).

Любой из вышеперечисленных случаев нужно закрепить в учетной политике.