Сотрудник прошел сан. минимум и принес чек на возмещение затрат.

Оплатил с мобильного приложения банка ВТБ.

Но вместо чека, банк ВТБ выдает только платежное поручение.

Как быть? Можем мы такой документ принять к авансовому отчету?

Вообще платежное поручение это документ об оплате, он подтверждает перевод денежных средств, но не получение лицом товаров, работ, услуг.