Вопрос: Для перечисления дотаций нам Министерство сельского хозяйства указали открыть казначейский счет. На каком счет БУ я должна отражать движение денежных средств по
данному счету?

Ответ: Ваша организация — ООО (коммерческая, не бюджетная), а лицевой счёт открыт в Федеральном казначействе специально для получения и расходования целевых дотаций/субсидий от Минсельхоза (с казначейским сопровождением). Учёт ведётся по коммерческому плану счетов (Приказ Минфина № 94н) и ПБУ 13/2000 «Учёт государственной помощи».

Ваш подход с использованием счёта 55.04 «Прочие специальные счета» и 86 «Целевое финансирование» — полностью правильный и наиболее распространённый в практике для таких казначейских лицевых счетов у ООО.

Основные проводки (на основании выписок из лицевого счёта как первичного документа)

1. Зачисление дотации/субсидии на казначейский лицевой счёт
   Дт 55.04 Кт 86
   — Зачислены целевые бюджетные средства (дотация от Минсельхоза).
   Аналитика: на счёте 86 — по источнику (Минсельхоз) и цели (по номеру соглашения).
2. Перечисление поставщику за счёт целевых средств
   Дт 60 (или 76) Кт 55.04
   — Перечислено поставщику по заявке через казначейство.

Дальнейшее списание с счёта 86 и признание дохода

Момент и порядок зависят от цели дотации (указана в соглашении с Минсельхозом).

Вариант A: Субсидия на текущие расходы (компенсация затрат, оплата услуг, материалов и т.п.)
По мере фактического расходования и подтверждения целевого использования (отчёт в Минсельхоз):
Дт 86 Кт 98.02 «Доходы будущих периодов» — на сумму израсходованных средств.
Затем (после подтверждения отчёта):
Дт 98.02 Кт 91.01 «Прочие доходы» — признана часть (или вся) субсидия в доходах.

Если субсидия компенсирует уже понесённые затраты — сразу после подтверждения:
Дт 86 Кт 91.01.

Вариант B: Субсидия на капитальные вложения (приобретение/создание основных средств)

Дт 86 Кт 98.02 — на сумму субсидии.
Затем ежемесячно по мере начисления амортизации:
Дт 98.02 Кт 91.01 — в сумме начисленной амортизации.

Важные рекомендации

• Документы: Выписки из лицевого счёта (электронные через «Электронный бюджет») — достаточный первичный документ для всех проводок. Дополнительно храните соглашение о предоставлении субсидии и отчёты о целевом использовании.
• Аналитика: Отдельный субсчёт на 55.04 для этого казначейского счёта (чтобы не смешивать с обычным р/с 51). На 86 — детальная аналитика по соглашениям.
• Если планируете закрыть счёт: Неиспользованный остаток возвращается в бюджет (по требованиям соглашения и через «Электронный бюджет»). После возврата: Дт 86 Кт 55.04 (списание остатка с целевого финансирования).