Недостачу ТМЦ зафиксируйте в инвентаризационной описи ИНВ-3 и сличительной ведомости ИНВ-19. Недостачу ОС - в описи ИНВ-1 и ведомости ИНВ-18. С материально-ответственного лица возьмите объяснение о причинах недостачи.

В налоговом учете недостачу ТМЦ в пределах норм естественной убыли сразу спишите в расходы. Сверхнормативные потери, недостачу ТМЦ, по которым нет норм естественной убыли, а также недостачу ОС возмещает материально-ответственное лицо или другой виновный. После этого возмещение учитывают в доходах, а стоимость пропавшего имущества - в расходах (Письмо Минфина от 27.04.2020 № 03-03-06/1/34033).

Если ущерб возмещать некому, для учета расходов нужен документ, подтверждающий отсутствие виновных. Так, при хищении надо написать заявление в ОВД и получить постановление о приостановлении предварительного следствия или дознания из-за того, что виновное лицо не установлено (ст. 265 НК РФ, Письмо Минфина от 14.07.2021 № 03-03-06/1/56085).

НДС при недостаче восстанавливать не надо (Письмо ФНС от 21.05.2015 № ГД-4-3/8627@).

Недостачи отражают на счете 94: по дебету - сумму потерь, по кредиту - списание потерь на расходы. На 31 декабря сальдо по счету 94 быть не должно.