Налоговые органы начали внедрять новую процедуру контроля, связанную с сверкой данных бухгалтерского учета с информацией из государственных систем ФГИС, таких как «ВетИС» и «Меркурий».

Эта практика особенно актуальна для аграрного сектора, где ведение точного учета продукции животноводства, растениеводства и переработки сельхозсырья имеет критическое значение для соблюдения требований санитарного контроля, прослеживаемости продукции и уплаты налогов. Основная цель сверки — выявление расхождений между учетными данными предприятий и официальными государственными источниками, что повышает прозрачность и надежность отраслевой отчетности, однако методологические и правовые аспекты этой процедуры пока вызывают дискуссии и проблемы, о чем мы и поговорим в данной статье.

Новая практика ФНС в отношении расхождений с данными ФГИС и её влияние на аграрный сектор

В последние годы федеральные государственные информационные системы (ФГИС), такие как «ВетИС» и «Меркурий», стали ключевыми инструментами контроля за производством и оборотом продукции животного происхождения и сельхозпродукции. Эти системы позволяют отслеживать движение продукции по всей цепочке поставок, обеспечивая прозрачность и безопасность рынка. Однако в 2025 году ФНС начала применять новую практику, касающуюся расхождений между данными бухгалтерского учета организаций и информацией, содержащейся в ФГИС.

Цель данной статьи — подробно рассмотреть суть новой процедуры ФНС, правовые ограничения, возникающие проблемы интерпретации данных, а также влияние этих изменений на аграрный сектор. Материал предназначен для специалистов по налоговому учету, руководителей агропредприятий и юридических консультантов.

Суть новой процедуры

Основным объектом налогового контроля, согласно действующему законодательству, остаются налоги, сборы и страховые взносы. Любые действия по сверке данных ФГИС и иных сторонних информационных систем не входят в предмет налогового контроля.

ФНС начала направлять компаниям требования о пояснениях по расхождениям между бухгалтерским учетом и электронными документами ФГИС. При этом важно подчеркнуть, что такие расхождения не влияют на формирование налоговой базы.

Согласно налоговому законодательству:

Налог на прибыль формируется исключительно из доходов и расходов, отражённых в регистрах бухгалтерского и налогового учета.

НДС исчисляется на основании выручки от реализации, без учета данных сторонних систем, таких как ФГИС «ВетИС» или «Меркурий».

Таким образом, данные ФГИС используются только для контроля за производством и оборотом продукции, а не для исчисления налогов. Любые расхождения с бухгалтерскими данными не могут быть использованы для доначислений или наложения штрафов.

Правовые ограничения

Налоговое законодательство строго ограничивает предмет проверки налоговых органов. Основные принципы:

1. Документы и сведения, полученные с нарушением порядка проведения налогового контроля, не могут использоваться для вынесения налогового решения.
2. Проверка данных сторонних систем не является предметом выездной налоговой проверки. Следовательно, она не может служить основанием для доначислений или применения санкций.
3. Требования налоговой о предоставлении пояснений должны быть мотивированы и документированы, указывать конкретные факты, связанные с исчислением налогов.

   Новая практика ФНС в части расхождений с ФГИС противоречит этим принципам. Требования о предоставлении пояснений не содержат ссылки на нарушение налогового законодательства и касаются исключительно различий между бухгалтерским учетом и данными внешних систем.

    

   Проблемы интерпретации и оценки данных

   Для компаний аграрного сектора новая практика ФНС создает ряд серьезных проблем:

   Неточности и некорректные записи в ФГИС

   Данные «ВетИС» и «Меркурий» формируются на основании информации, поступающей от множества участников цепочки поставок. Возможны задержки, ошибки ввода или технические сбои, что приводит к расхождениям с бухгалтерским учетом.

   Отсутствие сводных отчетов для корректной интерпретации

   Системы ФГИС не предоставляют полных аналитических сводок, которые позволяли бы налогоплательщикам правильно интерпретировать расхождения.

   Необоснованные требования налоговой

   ФНС требует пояснения расхождений, хотя налоговая база формируется исключительно на основе бухгалтерских регистров. Таким образом, компании оказываются в ситуации, когда им необходимо тратить ресурсы на подготовку пояснений не имеющих юридической значимости для налогообложения.

   Риск неправильной интерпретации данных

   Несоответствия с ФГИС могут восприниматься как потенциальные нарушения, хотя фактически не влияют на налоговые обязательства. Это создает правовую неопределенность и повышает нагрузку на бухгалтерские и юридические службы предприятий.

    

   Влияние на аграрный сектор

   Аграрные предприятия особенно уязвимы к новой практике ФНС по нескольким причинам:

• Многоступенчатая цепочка поставок: продукция проходит через производителей, переработчиков, торговые сети. Любое несоответствие на одном уровне отражается на всех последующих.
• Объемы информации: крупные агрохолдинги ежедневно обрабатывают тысячи партий продукции, что делает сверку с ФГИС трудоемкой и ресурсозатратной.
• Сезонность и логистика: несвоевременное обновление данных в ФГИС связано с транспортировкой и хранением продукции, что создаёт системные расхождения.

  Следовательно, новые требования, по своей сути не мотивированные, ФНС увеличивают административную нагрузку, но не повышают точность налогообложения. Они могут вызвать дополнительную обеспокоенность у инвесторов и партнеров, если расхождения будут неправильно интерпретированы как налоговые риски.

   

  Позиция компании и рекомендации

  На основании анализа законодательства и текущей практики ФНС компания может сформулировать следующую позицию:

  Расхождения с ФГИС не относятся к предмету налоговой проверки.

  Требования ФНС о пояснениях в этой части являются немотивированными и неправомерными.

  Расчёт налоговой базы осуществляется исключительно на основе регистров бухгалтерского учета.

  Любые расхождения с внешними системами не могут быть основанием для доначислений, сомнений или санкций.

  Документирование позиции: компании следует вести внутренние акты сверки, фиксировать расхождения с ФГИС и пояснять их исключительно для внутреннего контроля и аудита, без обязательного предоставления в ФНС, если это не требует закон.

  Управление рисками: рекомендуется внедрять внутренние процедуры контроля качества данных, интеграцию бухгалтерских систем с ФГИС для снижения ошибок, а также подготовку инструкций для сотрудников по корректному заполнению электронных документов.

   

  Вывод

  Новая практика ФНС формально направлена на контроль достоверности информации, но по сути не касается налогооблагаемой базы. Для аграрных предприятий это создаёт правовую неопределенность, дополнительную нагрузку на бухгалтерские службы и потенциальный риск неправильной интерпретации данных.

  В условиях текущего законодательства компании могут безопасно опираться на регистры бухгалтерского учета и налогового учета при исчислении налогов. Любые расхождения с ФГИС следует рассматривать как вопросы контроля за производством и оборотом продукции, а не как налоговые нарушения.

  Компании аграрного сектора должны активно документировать внутренние проверки и пояснения, чтобы минимизировать риск недопонимания со стороны контролирующих органов, но не подчиняться необоснованным требованиям ФНС, не относящимся к предмету налогового контроля.