Вычет предоставляется за тот год, в котором была оплачена  учеба. Если сразу оплатили за все за три года обучения, вычет можно получить только один раз.

Поэтому выгоднее платить каждый год. К примеру, стоимость учебы за год — 40 000 руб. Если будет оплачено сразу 120 000 руб., то максимальный вычет составит 50 000 руб. Значит, работнику вернется только 6500 руб. НДФЛ.  Если будет оплачено по 40 000 руб. ежегодно, то и получать вычет можно каждый год, за три года можно вернуть НДФЛ в сумме 15 600 руб.