Действительно, если за 2018 год доход от реализации товаров (работ, услуг) для ЕСХН будет меньше 100 млн руб., то организация может не начислять НДС с начала 2019 года.

Но далее порядок следующий: в Законе определено, что сельскохозяйственная организация может не начислять НДС до того месяца, в котором сумма дохода от реализации не превысила нарастающим итогом установленного порога (на 2019 год это 90 млн руб.). В том месяце, когда доход от реализации становится выше порогового значения, организация начинает исчислять НДС. Поэтому, начиная с августа, данная сельхозорганизация начинает уплачивать НДС наряду с ЕСХН, то есть за 3-й квартал сдает Расчет по НДС.

А с какого периода в последнем примере мы начинаем начислять НДС, и по каким счетам-фактурам поставщиков принимаем НДС к вычету?

Как указано в предыдущем ответе, в том месяце, когда доход от реализации становится выше порогового значения, организация начинает исчислять НДС. То есть, начиная с августа, а более конкретно - с 1 августа, данная сельхозорганизация начинает начислять НДС со всей реализации (выставляет счета-фактуры с НДС). Следовательно, с 1 августа все поступающие счета-фактуры от поставщиков сельхозорганизация регистрирует в книге покупок и принимает по данным счетам-фактурам НДС к вычету (но еще раз отмечу, по счетам-фактурам с датой не ранее 1 августа суммы НДС принимаются к вычету, ведь до 1 августа организация еще не плательщик ЕСХН).