Вернуть гражданину излишне уплаченную сумму налога на доходы физических лиц должен налоговый агент. И только в  том случае, если налоговый агент отсутствует, за возвратом переплаты по налогу можно обратиться в налоговый орган. 

 МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 6 июля 2016 г. № 03-04-10/39533

В отношении второго вопроса сообщаем, что в соответствии с пунктом 1 статьи 231 НК РФ излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога на доходы физических лиц подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика.

Возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы налога производится налоговым агентом за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджетную систему Российской Федерации в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент производит удержание такого налога, в течение трех месяцев со дня получения налоговым агентом соответствующего заявления налогоплательщика.

Положениями пункта 1 статьи 231 НК РФ предусмотрен также возврат излишне удержанной налоговым агентом из дохода налогоплательщика суммы налога на доходы физических лиц налоговым органом при отсутствии налогового агента. В этом случае налогоплательщик вправе подать заявление и налоговый орган о возврате излишне удержанной с него и перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации ранее налоговым агентом суммы налога одновременно с представлением налоговой декларации по окончании налогового периода.

Таким образом, при наличии налогового агента налоговый орган не может производить возврат излишне удержанной налоговым агентом суммы налога. При этом возврат излишне удержанной налоговым агентом из дохода налогоплательщика суммы налога на доходы физических лиц иным налоговым агентом не предусмотрен.

Настоящее письмо Департамента не содержит правовых норм, не конкретизирует нормативные предписания и не является нормативным правовым актом. Письменные разъяснения МФ РФ по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах имеют информационно-разъяснительный характер и не препятствуют налогоплательщикам, налоговым агентам и налоговым органам руководствоваться нормами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.